پیام رسان بله
جستجو
افزایش سرعت پردازش داده های بیوانفورماتیک با استفاده از فریم ورک PARSRA
زهرا رجائی1
چکیده :
رشد مجموعه داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی به عنوان یک چالش برای همترازی خوانش‌ها به ژنوم‌های مرجع به لحاظ دقت و سرعت به شمار می‌رود. در این مقاله parSRA، چارچوبی موازی برای سرعت بخشیدن به اجرای همتراز کنندگان خوانش کوتاه موجود بر روی سیستم‌ها با حافظه توزیع شده ارائه می‌شود. parSRA را می‌توان برای موازی‌سازی چندین ابزار همتراز کننده خوانش کوتاه نصب شده در سیستم، بدون هیچ گونه تغییر در کد منبع آن‌ها، به کار گرفت. نشان می‌دهیم که چارچوب ما مقیاس‌پذیری خوبی را بر روی یک خوشه‌ی محاسباتی برای سرعت بخشیدن به همتراز کنندگان محبوب BWA-MEM و Bowtie2 فراهم می‌کند. به طور متوسط، این چارچوب می‌تواند همترازی توالی را بر روی 16 گره 64 هسته‌ای (در مجموع 1024 هسته) با افزایش سرعت 10.48 در مقایسه با ابزارهای چندنخی اصلی در حال اجرا بر روی 64 نخ در یک گره، سرعت بخشد. همچنین سریعتر و مقیاس‌پذیرتر از چارچوب‌های pMap و BigBWA است. کد منبع parSRA در C++ و UPC++ در حال اجرا بر روی سیستم‌های لینوکس با پشتیبانی از FUSE به طور رایگان در https://sourceforge.net/projects/parsra/ در دسترس است.
کلمات کلیدی : همترازی خوانش کوتاه محاسبات با عملکرد بالا خوشه‌های چند هسته‌ای بیوانفورماتیک pgas
زبان مقاله : فارسی
محور مقاله : مهندسی کامپیوتر
محل انتشار : کنگره بین المللی مهندسی، فناوری و نوآوری
آدرس وب سایت کنفرانس : eticong.com/1st
کد IOI مقاله : XBFB-DHHDA
لینک مستقیم مقاله : https://isnac.ir/XBFB-DHHDA
نمایش چکیده انگلیسی
: https://isnac.ir/SA/XBFB-DHHDA
سایر مقالات ارائه دهنده
سایر مقالات محل انتشار
- Quality Control (QC), Research and Development (R&D) for soil-cement materials in road engineering
- نانو سورفکتانت های مورد استفاده در شکاف هیدرولیکی و تاثیربر عملکرد بهبود کاهش آسیب سازند در مخازن تنگ-تست مقایسه بین مغزه دریایی و خشکی
- سوختهای فسیلی(نفت.بنزین.گازوییل.وتمامی مشتقات نفتی)جای خودتان را به آب بدهید
- امعانی بر معماری کلاس درس و رابطة آن با آشفتگی روانی دانش آموزان پایة ششم ابتدایی، مدرسة دخترانة نرجس خاتون در شهر قدیم هشتگرد
- Detect and Cope with Cyber Attacks in Industrial Infrastructure using Deep Learning
- Artificial Intelligence in Dental Laboratories
- Ecological Economics In Rural Areas, with Socio-Economic Indicators Based on Sustainable Development
- مسولیت اجتماعی شرکتها بااستراتژی سرمایه گذاری و مدیریت حسابداری زیست محیطی باهزینه زیست محیطی و عارضه آلودگی آن
- CFD modeling for three-dimensional flow in open channels with complex geometry, speed distribution analysis
- Three-dimensional flow survey in channel with 90 degree bend using fluvent software
- Beyond the Earth Power Plants
- بررسی منحنی‌های شکنندگی قاب‌های فلزی مجهز به مهاربندهای دروازه‌ای تحت اثر زلزله‌های دور از چشمه و نزدیک به گسل
- بررسی نقش و اهمیت صنعت حمل و نقل دریایی در اقتصاد کشور و ریشه‌های توسعه نیافتگی آن
- بررسی سهم نفت در اقتصاد کشور و سایر کشور ها
- حس تعلق و هویت مکانی در معماری معاصر ایران با توجه به افزایش تعاملات اجتماعی و روانشناسی محیطی